علل  اولیه در بوجود آمدن مشکلات ارتودنسی ناهنجاری های دندانی و فکی به دلایل گوناگونی رخ می دهند. تقریبا تمام این ناهنجاری ها قابل پیشگیری و درمان هستند. مهمترین دلایل ایجاد این مشکلات شامل موارد زیر می باشد

اختلال در تکامل جنین ؛  مصرف داورهای خاصی در مادران باردار و قرارگرفتن در معرض برخی ترکیبات شیمیایی ممکن است سبب ایجاد اختلال در تکامل سیستم دندانی- فکی شود. مصرف سیگار یا الکل در دوران بارداری احتمال بروز این مشکلات را افزایش می دهد.

بسیاری از مشکلات ارتودنسی زمینه ارثی دارد و به ارث بردن ابعاد فک بزرگ یا کوچک از والدین و عدم تطابق اندازه دندانها با آن می تواند  باعث شلوغی دندانها و نامرتبی آنها شود که به آن کراودینگ Crowding می گویند و در بعضی موارد نیز میتواند باعث فاصله  بین دندان‌ها  شود که به آن Spacing می گویند.

 شایعترین مشکل فکی با زمینه ارثی جلوآمدگی فک پایین نسبت به فک بالا ست به طوریکه جلوآمدگی فک پایین از یک نسل به نسل دیگر منتقل می شود  برخی از این مشکلات فکی با انجام درمان هایی موسوم به ارتوپدیک قابل بهبود هستند.

عاداتی مثل تنفس دهانی ، مکیدن انگشت ، مکیدن زبان ، مکیدن ناخن و لب می تواند باعث ناهنجاری دندانی فکی شود تمام نوزادان انگشت می مکند. مشکل زمانی ایجاد می شود که این عادت در سنین بالاتر نیز ادامه یابد.

اگر کودک شما بیش از ۴ سال سن دارد و هنوز به صورت طولانی مدت انگشت می مکد وی را تشویق به ترک آن کنید ، برای یادآوری به کودک برای ترک عادت مکیدن انگشت، می تواند روی انگشتش یک چسب زخم بچسبانید.توجه داشته باشید این کار به هیج وجه به منزله تنبیه کودگ نمی باشد در صورت موفقیت آمیز نبودن این روش ها به دندانپزشک کودک خود مراجعه کنید. همچنین تا حد امکان کودکتان را به استفاده از پستانک عادت ندهید. مکیدن طولانی مدت پستانک حتی پستانک هایی که به نام پستانک ارتودنسی در بازار یافت میشوند  اثرات مخربی روی سیستم دندانی، فکی کودک دارد.

الگوی تنفس در برخی از کودکان  که به جای بینی از دهان تنفس می کنند ، می تواند مشکل آفرین باشد ، معمولا” انسداد نسبی یا کامل مسیر تنفس از بینی به دلایلی از جمله آماس مخاط بینی به دلیل آلرژی یا بزرگ بودن لوزه ها صورت میگیرد. اگر کودک شما در اکثر اوقات به جز حین فعالیت شدید بدنی یا ذهنی از دهان تنفس می کند، لازم است توسط یک پزشک متخصص گوش و حلق وبینی معاینه شود. و در صودت لزوم قبل از هر گونه درمان ارتودنسی ، تحت درمان پزشکی قرار گیرد.

 ضربه دیدن فک پایین در زمان کودکی بسیار حساس است. ضربه ممکن است سبب شکستگی این ناحیه گردد. شکستگی رخ داده ممکن است کاملا” بدون علامت یا همراه با علائم جزئی باشد. به عنوان مثال به زمین افتادن کودک حین دوچرخه سواری، لب پریدگی یک دندان و مختصری درد و گریه کردن کودک ممکن است تنها علائم باشند. خوشبختانه در تعداد زیادی از کودکان که دچار این آسیب می شوند مشکلی در زمینه رشد فک پایین رخ نمی دهد.

اما تعدادی از کودکانی که دچار مشکلاتی از قبیل تکامل ناقرینه فک پایین و انحراف فک و یا کوچک ماندن فک پایین نسبت به فک بالا می شوند. در صورت تشخیص به موقع و اتخاذ تدابیر درمانی مناسب از بروز مشکلات جدی می توان پیشگیری نمود.

آنچه والدین باید به آن دقت زیادی داشته باشند این است كه بعد از ضربه‌هایی كه به‌ صورت و دندان‌های كودك وارد می‌شود و با شكستن دندان شیری همراه است باید بیمار سریعا  تحت ویزیت متخصص دندانپزشکی کودکان ویا متخصص جراحی فک و صورت قرار بگیرند. گاهی برخی دندانهای دائمی در فک بیمار غایب هستند و به این ترتیب دندانها دچار مشکلاتی در نظم و ترتیب دندانها می شود.یکی از شایعترین این موارد عدم وجود دندان کناری فک بالا است.

اشکال در اندازه دندانها گاهی بصورت بزرگ یا کوچک بودن یک یا تعدادی از دندان ها سبب نامرتبی سیستم دندانی می شود . بیشترین دندانی که بعلت کوچکی ویا شکل غیر معمول باعث مشکلات ارتودنسی می شود باز هم دندان کناری فک بالا است.

 گاهی نیز وجود دندان اضافه باعث می شود که تعداد دندانها بیشتر از تعداد نرمال باشند و بدین ترتیب باعث انحراف دندانها می شود. شایعترین دندان اضافه یک دندان پیش در خط وسط فک بالا می باشد ، که چنانچه در سنین پایین تشخیص داده شود و از دهان خارج گردد در بسیاری موارد هیج درمان دیگری نیاز نمی باشد و دندانها خود بخود بجای اصلی خود برمیگردند.